尼康显微镜是由于刀和标本之间发生高频率的展颤，尼康显微镜以致在切片上产生与刀刃平行的波纹.这是一种常见的故障.如果标本块硬度不适〔常常是过软);组织块两相对夹角过小;包埋块在样品夹上伸出太长;切速太高或刀钝等都会产生颇痕。
尼康显微镜刀痕:它是与刀刃垂直的划痕。这是由于刀口不整或标本中夹有硬颗粒所致。切片的刀痕处在电子束的轰击下可以撕裂.排除的方法是更换新刀或修除异物。
尼康显微镜切片厚薄不均或空切:原因是刀刃各部位税利程度不一或包埋剂混合不均，向组织块渗透不好、引起不规则的聚合、显微镜造成标本硬度不一致。显微镜若切片时有震动，也会产生厚薄不均的果这类情况严重便可以出现空切。
用电子显微镜观察超薄切片时，要具有一定的反差，才能得到清晰的图像。虽然用0sq固定组织时已起到一定的电子染色作用，显微镜但在高分辨能力的电镜下观察时，要求切片要薄，还需进一步补充染色，增加反差，显微镜一般用重金属盐染色。显微镜因它能与一定的细胞结构结合，尼康显微镜且重金属的原子对电子具有较强的散射能力，呈暗像，反之则成明像，因而显出明、暗的反差，显微镜可使图像十分清晰.这样的染色叫正染。用于超薄切片染色的重金属盐有铀盐和铅盐。
尼康显微镜分双目与三目，可以替代奥林巴斯CX23生物显微镜，不过尼康这个只是卤素灯的，CX23现在是LED光源。
尼康CI-L和CI-S研究级生物显微镜可替代奥林巴斯BX43研究级生物显微镜，看配置不同价格也有所不同，但因为尼康的产品质量会更好一些，此款功能也会多些，因此价格会比BX43显微镜微贵些，但成像效果肯定是比奥林巴斯来的更好。
尼康NI-U NI系列研究级生物显微镜可以替代奥林巴斯BX53显微镜和 BX63显微镜，功能比较多，可以做各种升级（荧光、相差、数码成像、暗场、半自动等）。