尼康顯微鏡在使用攝像頭時，很多時候會出現顏色嚴重失真的情況，這是由于不同色溫的光線照射在樣品上的時候，攝像頭呈現出來的顏色會不同。當我們用不同光線照射樣品，CCD彩色信號輸出不平衡就會造成上述情況。
我們平時看到的太陽光是多種光復合而成，這種光呈白色，它的色溫在5200K左右。而我們使用的白熾燈只有3000K左右，用傳統相機的白光片拍照時，白熾燈色溫低因此會顯紅色所以通常現場光線的色溫低于相機設定的色溫時，往往偏黃偏紅，現場光線的色溫高于相機設定時，就會偏藍。
那么什么是CCD的白平衡呢，CCD的白平衡裝置就是根據色溫的不同，調節感光材料（CCD）的各個色彩應強度，使色彩平衡。由于白色的物體在不同的光照下人眼也能把它確認為白色，所以，白色就作為確認其他色彩是否平衡的標準，或者是說當白色正確地反映成白色時，其他的色彩也就正確了，平衡了，這就是白平衡的含義。
作為尼康顯微鏡攝像頭的默認設置，自動白平衡通過一張結構復雜的矩形圖，來決定畫面中的白平衡基準點，以此來達到白平衡調校。這種自動白平衡的準確率是有一定限制。因此還需要手動白平衡、區域白平衡來防止偏色。
影響圖像清晰度而可以設法校正的一種像差是像散。和透射電鏡中一樣，掃描電鏡鏡筒的下部也裝有一個消像散器。應該認真調節消像器才能保證得到好的圖像。如果像散量過大，消像散器的校正場已不足補償其缺陷，就必須盡快清洗電鏡的光路區，尼康顯微鏡景深有多大尤其是本透鏡和末光闌部分。景深有多大只要這種變化恰好能補償樣品傾斜所造成的高度差時，圖像的全視野都能達到同樣的清晰度。